Inside Deep, ogni meccanismo ha il suo mistero. Un ricercatore di tali segreti, Aria, è alla ricerca di un assistente, in particolare per la ricerca dei meccanismi antichi. Segreti devono essere sbloccati dal giocatore. Molti puzzle per le menti curiose vi aspettano, e se non si sarà in grado di scoprire la verità dipende da voi.